Nunca há qualquer indicação de que a Federação tenha dado alguma coisa "em troca de" passagem.
O piloto sugeriu que a passagem de navios era de alguma forma prejudicial para os Profetas, mas no final do episódio nos dizem:
Station log, Commander Benjamin Sisko, stardate 46393.1. The lifeforms who created the wormhole have agreed to allow safe passage for all ships traveling to the Gamma Quadrant.
Este acordo nunca é mencionado novamente nem discutido em mais detalhes.
Então algo pode foram devolvidos aos Profetas em troca. Mas, se foi, nunca ouvimos nada sobre isso.
Pessoalmente, interpreto o fraseado da entrada de registro de Sisko para sugerir que nada de valor foi dado em troca, que os Profetas simplesmente decidiram permitir que os navios passassem por "conhecer" Sisko um pouco durante o curso do piloto.
Talvez a natureza "prejudicial" da passagem pelo templo tivesse sido imaginada até então: uma preocupação geral sobre as ramificações desconhecidas da infiltração sem controle por esses seres alienígenas agressivos e antagônicos, conscientes do tempo!
Além disso, como outros observaram, era no interesse dos Profetas fazer isso, então talvez isso tenha motivado suas ações no piloto de alguma maneira.