Você deveria responder sim.
Mesmo se você não tivesse escrito seu nome de maneira diferente, porque usava um passaporte diferente, teria que responder 'sim'. Você deve explicar as circunstâncias completamente.
Mesmo que a mudança de nome fosse o único problema, seria melhor responder 'sim'. É provável que as autoridades analisem a questão e a tratem como uma questão trivial. No entanto, se você não lhes disser que eles podem pensar que você tem algo a esconder, e tecnicamente você mentiria em um formulário oficial.
É quase sempre melhor colocar informações em um formulário oficial se você estiver em dúvida.
E para uma organização que lida amplamente com registros escritos, uma mudança de ortografia será considerada uma mudança de nome.