Se você quer que o ventilador e a luz funcionem separadamente, então conectar os fios como você descreveu é o caminho a ser seguido. Se você quiser que todo o equipamento seja controlado a partir de um único comutador, o manual descreve a fiação correta.
Quanto ao fio de aterramento verde, simplesmente conecte-o ao fio de aterramento verde no teto. Você deve usar um terminal de garfo ou anel de tamanho apropriado para conectar o solo sob o mesmo parafuso que o solo do teto.