Apenas o efeito aplicado pelo Arcane Shot supera a resistência não mágica
De acordo com a descrição fornecida:
Arcane Shot
Once per turn, when you fire an arrow from a shortbow or longbow as part of the Attack action, you can apply one of your Arcane Shot options to that arrow.
E as próprias opções:
Arcane Shot Options
The options are all magical effects. If an option requires a saving throw, your Arcane Shot save DC equals 8 + your proficiency bonus + your Intelligence modifier.
As opções em si são efeitos mágicos; portanto, eles são a única parte do ataque que supera a resistência não mágica. Mais tarde, o Arcane Archer recebe um recurso de nível XIX, Magic Arrow, que permite que seus ataques sejam mágicos, a fim de superar a resistência.
Veja também este post em determinar o que é e não é um efeito mágico.