Aplica-se mesmo quando blindado, pois é um bônus, não uma maneira diferente de calcular CA
Embora a página 276 implique que a Armadura Natural substitua a CA adquirida pela armadura fabricada, a Armadura Natural concede a você um bônus numérico à CA, não uma nova maneira de calculá-la. Citação relevante:
A monster that doesn't wear armour might have natural armour, in which case it has an AC equal to 10 + its Dexterity Modifier + its natural armour bonus
Embora isso implique fortemente que a Armadura Natural seja um novo cálculo, eu gostaria de encaminhá-lo ao Manual do Monstro, especificamente a seção sobre jogadores sendo amaldiçoados com licantropia. Se olharmos especificamente para o lobisomem, ele diz o seguinte (ênfase minha):
The character gains a strength of 15 if his or her score isn't already higher, and a +1 bonus to AC while in wolf or hybrid form (from natural armour)...
Nem a seção sobre Armadura Natural nem a seção sobre licantropos dos jogadores dizem que você não ganha esse bônus ao usar armadura. A seção Armadura Natural implica, mas diz que Armadura Natural é um bônus de armadura natural, o que implica que seria pilha.
Como nada proíbe explicitamente o uso de armadura com seu bônus de armadura natural, e a Armadura Natural é descrita como um bônus de armadura natural com um valor tipicamente no intervalo de + 1 a + 3, podemos adicionar nosso bônus de armadura natural à nossa classe de armadura .
Você poderia argumentar que a Armadura Natural altera seu cálculo de CA sem armadura, mas exemplos do Livro do Jogador dizem especificamente que eles alteram seu cálculo de CA sem armadura, se não concedem um bônus. Isso implica novamente que a Armadura Natural se acumula com armaduras fabricadas.