Minha resposta baseia-se nas idéias de que Zod é uma entidade treinada versus Kal'el que é uma entidade não treinada.
Basicamente, um pouco de história. Krypton é um planeta com uma estrela vermelha, por isso, os kryptonianos agem e têm o físico e as habilidades de seres humanos normais. Isso é explicado devido ao nível de radiação que a estrela está emitindo. Jor'El sabia disso sobre o planeta e também sabia que a Terra tem uma estrela amarela, significando um nível de radiação diferente no planeta. Ele teorizou (ou até sabia) que seu filho seria "como um deus" para os seres humanos devido à sua exposição às diferentes radiações do nosso Sol.
A julgar pela cena da escola em que sua visão de raio-x começa a mostrar que Clark sempre teve esses poderes desde a sua chegada e tem surtos regulares controlando suas habilidades e seus 'pais' estão acostumados a isso, representado por sua 'mãe' saber como para acalmá-lo rapidamente o suficiente. Esse evento também parece ter acontecido com ele por volta da idade 8, significando uma das primeiras cenas da linha do tempo.
Avance nos anos 30, Clark tem controle óbvio sobre suas habilidades, usando-as sem esforço e nunca perdendo o controle de sua visão auditiva / raio-x / etc.
Agora chegamos a Zod e sua gangue. Assumindo que o conhecimento de Jor'El sobre estrelas amarelas, fazendo com que os kryptonianos tivessem imensa força e velocidade, estivesse disponível para tipos militares como Zod, isso explicaria por que eles tinham um pouco de controle sobre o aspecto da força das habilidades. Também o fato importante aqui é que eles são militares treinados, o que significa que seriam capazes de lidar facilmente com uma rápida mudança de corpo em um estado mental melhor do que uma criança assustada. Lembre-se de que, nessa continuidade, os kryptonianos foram criados para um propósito específico e todos os 3 desses kryptonianos foram criados para guerra e combate.
Agora também parece que a visão de raios-x e os raios oculares provêm da exposição direta à atmosfera, em vez de apenas estar dentro da radiação. Podemos apenas assumir que é necessário que os próprios olhos sejam expostos ao ar livre para desencadear essa alteração. Clark percebe essa fraqueza leve e a explora na batalha. A única outra explicação é que pode ser uma reação causada pela respiração do ar terrestre não filtrado quando atinge os pulmões e causa essa mudança direta.
Se a memória serve, Zod também tinha a força e a velocidade dos outros guerreiros, apenas foi exposto primeiro ao ar e se retirou.
TLDR: O sol da Terra causa super força e velocidade, a atmosfera da Terra causa visão de raios-X e olhos de laser.