Os Comensais da Morte quase certamente não estavam lá durante o ataque.

O ataque descrito por Weasley ocorreu no verão de 1996, logo no início de Príncipe Mestiço. Ele conta a Harry sobre o ataque e a prisão de Lucius na Plataforma Nove e Três Quartos, enquanto Harry está prestes a retornar a Hogwarts pelo sexto ano. A primeira vez que vemos Voldemort, Bellatrix e os outros Comensais da Morte em Malfoy Manor é quase um ano depois, no verão de 1997 (quando Harry deveria começar o ano sete). É provável que os Comensais da Morte não estivessem na residência Malfoy durante o ataque.

Lembre-se de que Voldemort e companhia ainda estavam escondidos até o final de Ordem da Fenix. Não está claro onde eles estavam baseados nesse período, mas não precisava estar na residência dos Malfoy.

Sabemos que Voldemort deixou os Malfoy efetivamente em casa porque estava descontente com eles. Escolher a casa deles como base tinha tanto a ver com puni-los quanto com qualquer outra coisa. Ele ficou descontente com o fracasso de Lucius em recuperar a profecia e com o fracasso de Draco em matar Dumbledore diretamente.

Scowling, Snape said, “The Dark Lord does not expect Draco to succeed. This is merely punishment for Lucius’s recent failures. Slow torture for Draco’s parents, while they watch him fail and pay the price.”
_{(Deathly Hallows, Chapter 33, The Prince's Tale).}

Voldemort provavelmente só se mudou para a residência dos Malfoy (quando ele não estava perseguindo a Varinha das Varinhas) uma vez que a segunda falha ocorresse. Quando vemos personagens se referindo à mansão Malfoy, eles falam sobre ela como se ela tivesse sido criada apenas recentemente. Voldemort diz que notou Lucius estar infeliz "ultimamente", o que implica que Voldemort não mora lá há tanto tempo.

“I have given you your liberty, Lucius, is that not enough for you? But I have noticed that you and your family seem less than happy of late...What is it about my presence in your home that displeases you, Lucius?”
_{(Deathly Hallows, Chapter 1, The Dark Lord Ascending).}

Greyback sabe que está sendo usado como base - mas apenas como boato. Isso implica que não era um acordo de longa data.

“Will you summon ’im? ’ere?” said Scabior, sounding awed, terrified.
“No,” snarled Greyback, “I haven’t got - they say he’s using the Malfoys’ place as a base. We’ll take the boy there.”
_{(Deathly Hallows, Chapter 23, Malfoy Manor).}

Yaxley também se assusta com um pavão quando se aproxima do prédio, o que implica que ele não estava familiarizado com o local e não havia passado muito tempo lá.

Em suma, parece provável que Voldemort e companhia tenham se mudado para a mansão Malfoy por volta do verão de 1997. Dado que a incursão no Ministério ocorreu um ano antes disso, a explicação mais simples para o motivo pelo qual o Ministério não os encontrou é que eles não estavam lá.

Eles poderiam desaparecer antes do ataque.

Mesmo que Bellatrix, o Lorde das Trevas, ou ambos, estivesse hospedado na Mansão Malfoy quando Lucius Malfoy foi preso e a mansão foi invadida, o que quer que houvesse lá poderia ter desaparecido antes da chegada do Ministério, já que ambos são capazes. Bellatrix pode aparatar - ela aparata seguir Narcisa até a casa de Snape.

“With a second and louder pop, another hooded figure materialised.”
_{^{- Harry Potter and the Half-Blood Prince, Chapter 2 (Spinner’s End)}}

O Lorde das Trevas também é capaz de aparatar - ele aparata fora do prédio do Ministério da Magia para escapar da captura.

“He was there!’ shouted a scarlet-robed man with a ponytail, who was pointing at a pile of golden rubble on the other side of the hall, where Bellatrix had lain trapped only moments before. ‘I saw him, Mr Fudge, I swear it was You-Know-Who, he grabbed a woman and Disapparated!”
_{^{- Harry Potter and the Order of the Phoenix, Chapter 36 (The Only One He Ever Feared)}}

Eles estariam seguros quando desaparecerem, porque é impossível rastrear quem aparata.

“They explained what had happened; when they had finished, Lupin looked aghast.

‘But how did they find you so quickly? It’s impossible to track anyone who Apparates, unless you grab hold of them as they disappear!”
_{^{- Harry Potter and the Deathly Hallows, Chapter 11 (The Bribe)}}

Por causa disso, a Mansão Malfoy sendo invadida não o tornaria um esconderijo inadequado - se o Ministério batesse à porta, eles poderiam simplesmente Desaparecer. O Ministério não seria capaz de emboscá-los aparatando na Mansão Malfoy, já que as casas mágicas geralmente são protegidas contra aparatadores indesejados.

“Professor, why couldn’t we just Apparate directly into your old colleague’s house?’

‘Because it would be quite as rude as kicking down the front door,’ said Dumbledore. ‘Courtesy dictates that we offer fellow wizards the opportunity of denying us entry. In any case, most wizarding dwellings are magically protected from unwanted Apparators. At Hogwarts, for instance –’

‘– you can’t Apparate anywhere inside the buildings or grounds,’ said Harry quickly. ‘Hermione Granger told me.”
_{^{- Harry Potter and the Half-Blood Prince, Chapter 4 (Horace Slughorn)}}

Portanto, Bellatrix, o Lorde das Trevas, ou os dois, poderiam permanecer na Mansão Malfoy sem serem capturados quando o Ministério a invadiu, ou durante quaisquer ataques subseqüentes.

Também nunca se disse que foram lá então.

Além disso, não está claro que Bellatrix ou o Lorde das Trevas estavam realmente hospedados na Mansão Malfoy no momento da prisão de Lucius e do ataque. Nunca foi explicitamente declarado que nenhum deles ficaria lá desde o início, e na reunião dos Comensais da Morte na Mansão Malfoy, Bellatrix menciona que é uma honra ter o Lorde das Trevas na casa de sua família, o que seria uma afirmação estranha para ela fazer isso, se ele estivesse lá por mais de um ano antes da reunião.

“My Lord,’ said a dark woman halfway down the table, her voice constricted with emotion, ‘it is an honour to have you here, in our family’s house. There can be no higher pleasure.”
_{^{- Harry Potter and the Deathly Hallows, Chapter 1 (The Dark Lord Ascending)}}

Portanto, não é certo que Bellatrix ou o Lorde das Trevas estivessem na Mansão Malfoy para começar a exigir que eles desaparecessem devido ao ataque.