Sua águia estaria efetivamente montando você
Se sua águia pousar em seu ombro, desde que você seja pelo menos uma categoria de tamanho maior que a águia, as regras para montarias entrarão em jogo. Para responder suas perguntas diretamente, ele não ganharia um bônus para a CA, nem sofreria uma penalidade no movimento, mas ele se moveria com você no seu turno sem usar o movimento.
Observe que a águia precisaria usar metade de seu movimento para montá-lo, RAW, embora, como ele possa simplesmente voar sobre seu ombro, seria razoável que um Mestre ignore isso neste caso (eu faria).
Roubar de minha outra resposta, A partir do Combate montado regras:
A willing creature that is at least one size larger than you and that has an appropriate anatomy can serve as a mount, using the following rules.
...
Once during your move, you can mount a creature that is within 5 feet of you or dismount. Doing so costs an amount of movement equal to half your speed.
Ser montado por sua águia não deve impor nenhuma restrição a você, pois você seria considerado uma montaria independente:
An independent mount retains its place in the initiative order. Bearing a rider puts no restrictions on the actions the mount can take, and it moves and acts as it wishes.