As respostas existentes já forneceram alguns exemplos muito interessantes e eu gostaria de adicionar algumas pequenas coisas, mesmo que não estejam fazendo referência direta a filmes específicos ou não sejam muito óbvias ou relevantes. É claro que já existem todos os temas ocidentais mais gerais provavelmente discutidos em seus links, todo o cenário do Novo México e as muitas cenas gravadas na natureza, especialmente o deserto do Novo México, a música do violão, o grande roubo de trem Walt e sua gangue está se apresentando no S05E05 ("Dead Freight").
Mas é interessante que você traga o ponto de "subverter o gênero ocidental", porque na verdade há uma cena no S03E12 ("Meia Medida") que, Embora não faça referência a um filme específico, é reproduzido com um dos o cenas ocidentais mais tradicionais de sempre. No final do episódio Jesse está enfrentando os dois traficantes que mataram Thomas (Andreairmão mais novo). A maneira como essas duas partes se aproximam silenciosamente, sabendo e determinado o que está por vir, os close-ups deles tirando as jaquetas e preparando as armas, os tiros consecutivos de JesseO rosto de cada vez mais perto, a foto grande angular dos porta-armas opostos. Toda essa cena e sua apresentação cinematográfica se assemelham muito a um confronto de duelos de armas clássico, conhecido por praticamente todos os ocidentais de todos os tempos.
Mas toda essa construção elaborada e cheia de suspense faz não ser resovled de uma maneira ocidental clássica do único duelista que ganha mais rapidamente. Não, Walt, sendo, neste ponto, um completo intruso na cena lida com a situação de uma maneira muito não tradicional, mas eficaz, apenas derrubando os traficantes com seu Aztek. Se isso não for uma subversão de uma das imagens mais inatas de Western, apresentada em estilo cinematográfico que reconhece muito essa referência, Eu não sei o que é. (Você poderia dizer Walt é um intruso em toda a situação, lidando com isso da sua maneira original, não por força ou experiência, mas por raciocínio rápido, iniciativa implacável e, convenhamos, sorte, afinal lembra muito seu empreendimento global nos negócios de metanfetamina.)
Enquanto pensava em um dos maiores exemplos de Spaghetti Western, me deparei com outra referência possível em nada além do grande final do show. No final do último episódio, S05E16 ("Felina") Walt obtém sua vingança final tomadagangue, exibindo sua suposta armadilha, mas surpreendendo-os com a metralhadora de controle remoto que ele tem no porta-malas do carro, derrubando efetivamente tomadahomens.
Isso pode ser visto como uma referência a uma das cenas mais notáveis da Sergio Corbuccido clássico 1966 de Speghetti Western Django, Onde Franco NeroO protagonista de mesmo nome entra em uma cidade arrastando um caixão. E uma vez que ele confronta a gangue do homem que está buscando vingança, ele abre o caixão e puxa nada além de uma metralhadora, derrubando a maior parte da gangue.
No entanto, não tenho certeza se chamaria aquela cena de metralhadora de Django uma cena ocidental clássica, já que essa cena poderia ser vista como uma subversão não convencional dos ocidentais clássicos, mas bem, é isso que Spaghetti Westerns geralmente eram afinal, apenas que eles se tornaram "clássicos" por direito próprio.
Outra referência que encontrei é de natureza muito mais rebuscada e não ocidental. Mas há o episódio da garrafa S03E10 ("Fly") em que Walt fica preso no laboratório com uma mosca e fica cada vez mais paranóico de sua suposta contaminação, perdendo lentamente sua sanidade mental por causa disso. Pode me chamar de lunático, mas isso realmente me lembrou o famosa cena de abertura of Once Upon a Time no Ocidente, onde um dos assassinos esperando Gaita é repetidamente escutado por uma mosca e finalmente a prende no cano da arma.
Tal como o Breaking Bad episódio, essa cena, apesar de totalmente irrelevante para o enredo real do filme, tem sido a fonte de muita discussão e análise. Decida por si mesmo, no entanto, se essa é uma semelhança demais demais para chamar de referência ao cinema ocidental.