Na seção Fazendo um Ataque do Manual do Jogador (p. 194), o processo para fazer um ataque é o seguinte (ênfase minha):

1. Choose a target. Pick a target within your attack's range: a creature, an object, or a location.
2. Determine modifiers. The DM determines whether the target has cover and whether you have advantage or disadvantage against the target. In addition, spells, special abilities. and other effects can apply penalties or bonuses to your attack roll.
3. Resolve the attack. You make the attack roll. On a hit, you roll damage, unless the particular attack has rules that specify otherwise. Some attacks cause special effects in addition to or instead of damage.

Como o Hammer of Thunderbolts não especifica que o seu trovão substitua o dano da arma, o ataque lançado causa dano regular, além do efeito do trovão.

Sim.

Ataques à distância de armas causam dano

A descrição do item é lida (ênfase minha):

While attuned to it, you can expend 1 charge and make a ranged weapon attack with the hammer, hurling it as if it had the thrown property with a normal range of 20 feet and a long range of 60 feet.

Se você não estivesse em sintonia com ela e a jogasse como uma arma improvisada, causaria dano normal. Portanto, a lógica ditaria que, se conseguisse acertar em você, vencendo sua classe de armadura quando lançada como se tivesse a propriedade lançada causaria dano normal por espancamento. Usando a propriedade arremessada, arremessar um martelo para um ataque à distância iria causar dano normal.

D&D não possui rolos sem sentido

Pela leitura de que não causa dano normal, o efeito requer uma jogada de ataque e um teste de resistência. Não há nenhum efeito no jogo que exija uma jogada de ataque e um teste de resistência para causar uma fonte de dano. Isso seria tão fora de lugar a ponto de parecer estar quebrado.

Se eles quisessem que fosse apenas uma ocorrência rara, eles poderiam ter definido um modo mais fácil de derrotar DC. Eles não o fizeram, o que significa que a jogada de ataque existe para algo - o que seria um ataque de arma lançada como o item dizia, e esse ataque seria muito estranho logicamente se ser atingido por um maul daquele tamanho não o fizesse sofrer dano.

Linguagem comum do gatilho

Então nós temos a maneira como está escrito. Essa é uma linguagem bastante comum para acionar efeitos especiais.

If the attack hits, the hammer unleashes a thunderclap audible out to 300 feet. The target and every creature within 30 feet of it must succeed on a DC 17 Constitution saving throw or be stunned until the end of your next turn.

Se o ataque (arma de tiro normal) acertar (antes de terminar resolvido, causando dano de martelo), ele solta um trovão. Compare este idioma para dizer marca de caçadores or golpe estrondoso que leu

... whenever you hit it with a weapon attack...

e

... you hit with a melee weapon attack during this spell’s duration, your weapon rings with thunder that is audible within 300 feet of you...

respectivamente. Ninguém argumenta que os ataques normais desses feitiços não causam dano normal. Só que o efeito especial do feitiço (ou arma mágica) é acionado quando o ataque cai.

"dano extra"

Nos comentários, foi levantado que os efeitos dos feitiços e marcas dos caçadores eram "danos extras". O que é verdade, esse é o efeito deles. Dito isto, os efeitos do martelo são mais parecidos com a parte de efeito push do golpe Thunderous, exigindo uma defesa após o ataque.

Contudo, Repelindo a Invocação de Eldritch da Explosão é um ótimo exemplo que não tem extra ou efeitos de dano adicionais que tornam o efeito mais claro (ênfase minha):

When you hit a creature with eldritch blast, you can push the creature up to 10 feet away from you in a straight line.

Isso não nega o dano de explosão de eldritch ou a Invocação Agonizante de Explosão Eldritch. O mesmo vale para greve impressionante:

When you hit another creature with a melee weapon attack, you can spend 1 ki point to attempt a stunning strike. The target must succeed on a Constitution saving throw or be Stunned until the end of your next turn.

E o lutador mestre de batalha Ataque Desarmante:

When you hit a creature with a weapon attack, you can expend one superiority die to attempt to disarm the target, forcing it to drop one item of your choice that it's holding. You add the superiority die to the attack's damage roll, and the target must make a Strength saving throw. On a failed save, it drops the object you choose. The object lands at its feet.

O que torna mais claro que as regras esperam que o acerto seja já estar causando dano.

Não faz

A mecânica do Martelo dos Raios do Trovão são claros quando, como e o que acontece quando você deseja usá-lo.

O mecânico de arremesso do martelo é claro, pois oferece a opção de fazer um ataque à distância e, em seguida, é claro como lidar com o sucesso desse golpe. Não inclui linguagem que sugira que esses efeitos sejam adicionais ao dano padrão. Diz apenas "Você pode executar X e Y é o que acontece quando X é bem-sucedido".

Quando você pode usá-lo?

The hammer also has 5 charges. While attuned to it, you can expend 1 charge and make a ranged weapon attack with the hammer..

como você usa isso?

hurling it as if it had the thrown property with a normal range of 20 feet and a long range of 60 feet.

O que acontece quando você bate nele?

If the attack hits, the hammer unleashes a thunderclap audible out to 300 feet. The target and every creature within 30 feet of it must succeed on a DC 17 Constitution saving throw or be stunned until the end of your next turn.

Em nenhum lugar afirma que este ataque especial causa dano. Ele diz que você pode fazer isso e, se quiser, gasta uma carga, rola para acertar e, se for bem-sucedido, o (s) alvo (s) fazem com que um DC 17 Con economize para ficar atordoado até o final do seu próximo turno.

Compare a redação aqui com outros efeitos do jogo

Javelin of Lightning

O Dardo afirma especificamente fornecer o dano padrão além das propriedades especiais, enquanto o Hammer não fornece (ênfase minha):

Each creature in the line excluding you and the target must make a DC 13 Dexterity saving throw, taking 4d6 lightning damage on a failed save, and half as much damage on a successful one. Make a ranged weapon attack against the target. On a hit, the target takes damage from the javelin plus 4d6 lightning damage.

Golpe Trovejante

O feitiço golpe estrondoso também fornece algumas evidências diretas de que o dano do ataque original ainda está incluído. Veja abaixo (minha ênfase):

The first time you hit with a melee weapon attack during this spell’s duration, your weapon rings with thunder that is audible within 300 feet of you, and the attack deals an extra 2d6 thunder damage to the target. Additionally, if the target is a creature, it must succeed on a Strength saving throw or be pushed 10 feet away from you and knocked prone.

O Hammer não usa nenhuma linguagem que se refira aos valores de dano originais.

Contágio

Contágio é um ataque de feitiço de toque que requer uma jogada de ataque que não causa dano direto. Ele fornece uma condição da mesma maneira que o martelo fornece uma condição. É um toque, mas é um teste de ataque corpo a corpo que também pode ser considerado um ataque desarmado.

No entanto, os efeitos desse toque são forçar um salvamento contínuo. Da mesma maneira que Hammer não causa dano, ele força uma defesa.

Mas não é grande coisa se você fornecer o dano

No final do dia, existem alguns atributos realmente estranhos nessa arma. Embora possa dar um grande impulso ao seu STR (dependendo de qual cinto você possui), ele tem alguns problemas sérios com ele - especialmente no que diz respeito ao recurso lançado.

• Ainda é apenas uma arma mágica + 1, o que não é muito importante em níveis mais altos (mas esse potencial extra + 5 do seu STR acima do 20 é muito importante).
• O teste de Atordoamento afeta todas as criaturas dentro do 30 'do alvo. Incluindo amistosos.
• Se você jogá-lo regularmente, você está na área de efeito e precisa fazer a defesa para não ficar atordoado.
• Depois de jogá-lo, a arma está agora no entanto distante de você. Não volta.
• O dano será 2d6 + STR + Proficiência. Para o nível em que você está atualmente, isso não é enorme e é improvável que influencie uma luta. Especialmente com os problemas listados acima quando você o usa.