Eu acho que essa pergunta está relacionada a outra, pelo menos nos traços largos. Nesse sentido, eu vou encaminhá-lo para minha resposta a essa pergunta.
Mas sua pergunta não parece tão focada em seguir o enredo de uma peça pré-existente, pois permite que os jogadores assumam essas papéis. O que, se estou interpretando você corretamente, torna essa uma pergunta muito diferente.
Eu acho que se você estiver disposto a executar as coisas dessa maneira, isso pode ser bom. Eu acho que o desejo "eu gostaria de ser Luke / Conan / Logan / Bond / Whatever" é um impulso primário para muitas pessoas que participam de RPGs em primeiro lugar. É certamente um fator importante em qualquer jogo licenciado, certo? Então, como eu sei exatamente o suficiente sobre os Arquivos X para soletrar, não vou dar conselhos sobre como fazer esse jogo funcionar em particular. Em vez disso, tentarei dar algumas dicas sobre o que evitar:
Destinies - Basicamente, isso significa que os jogadores sabem que seus personagens têm "destinos" porque o personagem fez algo no trabalho canônico. Você tem que eliminar isso. Se um jogador se mata sendo estúpido, você não pode fazê-lo dizer: "Não posso morrer agora, ainda não explodi a Estrela da Morte!" Esta é uma forma muito poderosa de Imunidade ao Script e pode tornar a execução frustrante em vez de divertida. Veja minha resposta no link acima para obter mais informações sobre como eu lidei com isso.
Precognição - Isto é como um destino para o mundo. Quando os jogadores sabem o que vai acontecer, eles aproveitam isso como um louco. É como o Biff e seu almanaque esportivo. Imagine se houvesse casas de apostas na Terra-média. Quais seriam as chances dos mocinhos ganharem no Helm's Deep? Qualquer PC experiente poderia fazer uma fortuna nisso, certo?
Conhecimento enciclopédico - Alguns mundos de ficção são fantasticamente bem desenvolvidos, e muitos fãs sabem muito mais sobre esses mundos do que os personagens dentro deles. Imagine que Harry Potter entra no escritório do professor Quirrell em seu primeiro dia em Hogwarts e bate nele até a morte. O jogador diz: "OK, vamos continuar com isso horcrux coisa agora mesmo, e esqueça o quadribol, hein? "É exatamente a coisa certa a se fazer, mas como o jogador de Harry poderia ter conhecido?
A solução para isso é simples: diga aos jogadores, "Abandone o que você pensa que sabe."
Obviamente, isso tira seu cobertor de segurança tranquilizador como GM. Você também deve estar disposto a abandonar o que acha que sabe. Você precisa estar disposto a deixar que os jogadores façam alterações no mundo canônico, independentemente do escopo que eles sejam capazes.
Afinal, se eles não conseguem fazer as coisas saírem de maneira diferente, se não conseguem mudar a história, por que estão brincando? Você deveria estar lendo, assistindo ou algo assim.
Quanto ao que fazer se o jogador fizer o personagem agir "fora do personagem", minha resposta é nada. Depois de permitir esse personagem como um PC, você está colocando as ações desse personagem nas mãos do seu jogador. E como eu disse antes, ambos de você tem que abandone o que você pensa que sabe.
Você acha que sabe o que Yoda, James Bond ou Harry Potter farão em uma determinada situação. Mas você já deu a responsabilidade por essas decisões a um jogador. Como eu disse, se o jogador não pode mudar a história, por que você está se incomodando?
E mais do que isso, no pacto social dos RPGs, as ações dos PCs são da competência do jogador, não do GM. Foi feito um acordo, implícita ou explicitamente. O jogador disse, de uma forma ou de outra: "Quero assumir esse personagem bem conhecido e fazer suas escolhas por ele". Você disse: "OK. Vá em frente." Você não pode voltar atrás agora só porque não gosta das opções.
O que você pode fazer é reagir dentro da ficção. No exemplo de Harry Potter acima, o que acontece com Harry a seguir? Uma viagem a Azkaban, aposto! É o que eles fazem com os assassinos! Então, enquanto você não pode evitar uma ação fora do personagem, você pode reagir para um de uma maneira que seja consistente com a ficção que você está criando. Mesmo que Harry seja preso, ainda há muito espaço para aventuras de RPG aqui! Ele recebe um julgamento certo? As pessoas escapam de Azkaban, certo? Ele pode convencer Ron e Hermione que ele foi forçado fazer o que ele fez? O que acontece com a sociedade bruxa se "Voldemort estava na cabeça dele, então eu teve matá-lo! " torna-se uma defesa válida?
Se você quer deixar um jogador pegar um personagem existente, precisa deixá-lo levar isto. Você não pode colocá-lo em uma pista e nunca deixá-lo se desviar. Você precisa acompanhar as mudanças feitas pelo jogador - e os personagens existentes são frequentemente pessoas poderosas em posições críticas, capazes de fazer mudanças vastas e amplas em seus mundos. Isso é o que os torna interessantes em primeiro lugar! Mas o jogador tem que aceitar as consequências de suas ações fora do personagem - afinal, ele é quem queria agitar as coisas!