Espaço de armazenamento
Como observado na resposta de Borkz, o DS9 estabeleceu que os padrões mentais precisavam ser armazenados em um nível quântico, enquanto outros dados podiam ser armazenados em um nível atômico, por isso exigia quantidades relativamente grandes de espaço de armazenamento. Dito isto, o DS9 era uma estação militar muito antiga, por isso é provável que a Voyager e tal possam ter muito mais armazenamento disponível (na verdade, vemos uma vila holográfica inteira completa com pessoas plenamente conscientes naquele navio).
A partir de aqui, vemos que os humanos precisam entre "cinquenta gigaquads" (para armazenar o cérebro de Chakotay) e "bilhões de quiloquads" (para transportar uma pessoa) de dados. Tomados como prefixos normais, estão entre os gigaquads 50 e 1000 +.
Observe que isso entra em conflito com o cânone DS9, que afirma que o cérebro em si é muito mais complexo que o resto do corpo, enquanto esses dados consideram o cérebro muito menos complexo que o corpo em geral (que é (razoavelmente) consistente com a noção de que tudo é digitalizado e armazenado na mesma escala). Considerando que os gigaquads 50 foram usados durante um processo de conversão (de algo estranho para um cérebro humano), talvez isso fosse apenas um buffer, e todo o cérebro teria usado muito mais armazenamento. Independentemente disso, ainda estamos analisando menos de teraquads 10 por pessoa.
Dado que o EMH sozinho usou até 1000 teraquads para assimilar dados (e alguns "50 milhão de gigaquads", ou 50000 teraquads, para o programa original), parece provável que o Voyager e os navios mais novos não teriam problemas em pendurar cópias de todas as tripulações membro em suas missões ausentes, atualizado no retorno, com a cópia de backup armazenada até que a nova cópia definitivamente não seja um alienígena ou algo assim.
O TNG Enterprise, por outro lado, normalmente possuía computadores com quads a quiloquads de espaço de armazenamento. Dada a idade do DS9, provavelmente era em um lugar semelhante. Isso significa que os navios anteriores seriam simplesmente incapazes de armazenar padrões de transporte por mais tempo do que o necessário para transportar as pessoas.
Falta de Necessidade
Os transportadores no TNG e além são extremamente seguro. Há muito poucas razões para a maioria dos navios se preocupar com backups como regra geral. E é muito improvável que você morra em uma missão aleatória fora, a menos que você seja uma camisa vermelha na Enterprise.
Filosofia geral da morte
Desde que eu não tenha motivos filosóficos para evitar transportadores em geral (como "a coisa que sai é apenas uma cópia e o meu verdadeiro eu está morto"), eu ficaria extasiado com a ideia de manter duas cópias de eu em todos os momentos. Um para o meu cérebro atual e outro para o meu melhor corpo (relativamente jovem, logo após um ano ou dois de intenso treinamento corporal). Então o transportador poderia simplesmente usar o corpo principal com meu cérebro atual todas as vezes. Além disso, no caso de minha morte prematura (ou oportuna) (o que acontecerá eventualmente), eles poderiam me restaurar do último backup, no estilo Borderlands.
No entanto, o universo de Star Trek geralmente evita cenários em que os humanos vivem muito mais do que o normal. Essa é principalmente uma filosofia de design fora do universo, mas há algumas justificativas dentro do universo para evitar a humanidade "não natural", de alterações genéticas à imortalidade.
O caso Scotty
A minha compreensão do episódio em que Scotty se armazenou por anos 75 foi que ele estava basicamente passando por um único buffer com algumas tecnobabble que não fazem muito sentido. Mas a ideia era como ter um espelho e um repetidor.
Os dados são armazenados no buffer e enviados para um espelho. No momento em que ele retorna do espelho, o último dado é enviado para fora do buffer, portanto, há tempo suficiente para manter todos os dados de Scotty nesse grande loop. Como cada ciclo de repetição degrada levemente os dados, havia um limite para quanto tempo isso poderia durar.
No geral, foi um truque grosseiro que mal funcionou uma vez e só porque Scotty é incrível, e não poderia ter funcionado para vários padrões ou durante o uso normal.
Uma nota sobre TNG vs. Voyager
Conforme mencionado na página Memory-Alpha, há uma realmente aumento substancial na memória relatada entre o TNG e a Voyager, e ocorreu em um período muito curto. Enterprise-D foi lançado no 2363, enquanto Viajante foi lançado no 2371.
Certamente é razoável que o Voyager seja substancialmente melhor que o Enterprise-D, mas estamos falando de um espaço de armazenamento quatrilhões (milhões de bilhões) de vezes mais em apenas anos 8 (10 milhões de teraquads vs 10 quiloquads é um fator do 1015).
Dado quantos alienígenas altamente avançados a Federação encontra, não é de forma alguma impossível, mas parece mais provável que os escritores da Voyager pensassem que "teraquads" pareciam mais legais que "quiloquads". Usando um paralelo ao mundo real, os computadores pessoais usavam discos rígidos de megabyte ou menos nos meados dos 80s quando o TNG foi lançado, então os quilos "quads" não eram muito loucos. Por volta da 95, quando a Voyager foi lançada, os discos rígidos de gigabyte eram comuns o suficiente, e o quilo era coisa do passado. Nesse ponto, "tera" era um prefixo "futurista". (Observe, este parágrafo é uma conjectura total.)
Definitivamente, sabemos que a Voyager foi capaz de armazenar várias pessoas holográficas totalmente sapientes, mas provavelmente é melhor supor que os "teraquads" da Voyager sejam mais parecidos com os "quiloquads" do TNG, e o aumento total do armazenamento é de milhares a milhões, em vez de quatrilhões.