Quando os Vingadores voltam, eles tentam pegar o Tesseract (pedra espacial envolto em cubo) e o cetro de Loki. Eles só conseguem pegar o cetro, já que Loki desaparece com o Tesseract.
Como é que o Tesseract e a pedra azul no cetro existem na mesma linha do tempo? Eles não são a mesma coisa?
O cetro de Loki contém o Mente Pedra, não a Pedra Espacial. Foi isso que deu o poder de controlar a mente de outras pessoas. No Avengers: Age of Ultron, a Pedra da Mente é usada para ajudar a criar Ultron e depois é removida do cetro e implantada no corpo da Vision.
O Tesseract - que, como você disse, faz contém a Pedra do Espaço - é um artefato completamente separado. Os dois objetos também estavam presentes simultaneamente na linha do tempo original: recordar a cena no início do primeiro Avengers filme em que Loki rouba o Tesseract enquanto usa o cetro para fazer uma lavagem cerebral em Erik Selvig e Hawkeye. Isso teria sido impossível se, como você afirma, são a mesma coisa.
Sua confusão é sem dúvida devido ao fato de que a luz do cetro é inexplicavelmente azul, mesmo que a Pedra da Mente seja amarela.