Hogwarts é a casa deles. As crianças são (principalmente) protegidas, sendo instruídas a se manterem afastadas dos animais.

Muitas das criaturas em questão consideravam Hogwarts sua casa, tanto quanto qualquer uma das crianças.

"What are you doing in our Forest?" bellowed the hard-faced grey centaur Harry and Hermione had seen on their last trip into the Forest. "Why are you here?"
"Your Forest?" said Umbridge, shaking now not only with fright but also, it seemed, with indignation. "I would remind you that you live here only because the Ministry of Magic permits you certain areas of land -"
_{(Order of the Phoenix, Chapter 33, Fight and Flight).}

A professora Umbridge descobre rapidamente que despejar os centauros não é tão fácil quanto ela pode imaginar.

An arrow flew so close to her head that it caught at her mousy hair in passing: she let out an ear-splitting scream and threw her hands over her head, while some of the centaurs bellowed their approval and others laughed raucously.
[...]
"Whose Forest is it now, human?" bellowed Bane.
_{(Order of the Phoenix, Chapter 33, Fight and Flight).}

Dumbledore sempre teve muito mais sensível compreensão do delicado ecossistema que compõe Hogwarts. Umbridge mostrou durante seu breve mandato que ela não entendia o quão finamente equilibrado estava o ecossistema de Hogwarts - e não apenas no que diz respeito às criaturas. Dumbledore, ao contrário de Umbridge, entendeu que você não pode apenas tentar forçar os centauros ou as sereias ou Pirraça a sair, nem impor exigências draconianas aos professores. É por isso que Umbridge é excluído do escritório do diretor (entre outras coisas); ela não entende a magia do lugar.

Como minha outra resposta em uma pergunta relacionada (Por que Hogwarts seria construída perto de uma floresta cheia de centauros?), Hogwarts também funciona como uma espécie de reserva natural para essas criaturas, que não têm um lar adequado no mundo trouxa.

The grounds of Hogwarts function partly as a nature reserve for magical creatures which have difficulty existing in Muggle-inhabited areas.
_{(Pottermore, "The Great Lake").}

As criaturas pertencem a lá e realmente não têm outro lugar para ir.

No entanto, os estudantes foram claramente advertidos a ficar longe das criaturas mais perigosas. Portanto, houve uma proibição geral da Floresta Proibida.

"First-years should note that the forest in the grounds is forbidden to all pupils."
_{(Philosopher's Stone, Chapter 7, The Sorting Hat).}

Esta regra impedia que as crianças entrassem em contato com os centauros, acromantula, unicórnios, testrálios e qualquer número de outras criaturas potencialmente perigosas.

Fofo era mantido no corredor no terceiro andar, o que era estritamente proibido.

"And finally, I must tell you that this year, the third-floor corridor on the right-hand side is out of bounds to everyone who does not wish to die a very painful death."
_{(Philosopher's Stone, Chapter 7, The Sorting Hat).}

Outras criaturas perigosas estavam em Hogwarts durante o Torneio Tribruxo. Dragões e uma esfinge foram importados especialmente enquanto os concorrentes também entraram em contato com sereias e moinhas, que estavam sempre no Grande Lago, mas que normalmente não encontravam. No entanto, essas criaturas foram encontradas apenas pelos estudantes mais velhos e mais hábeis após advertências severas e avaliação cuidadosa.

"Eager though I know all of you will be to bring the Triwizard Cup to Hogwarts," he said, "the Heads of the participating schools, along with the Ministry of Magic, have agreed to impose an age restriction on contenders this year. Only students who are of age - that is to say, seventeen years or older - will be allowed to put forward their names for consideration."
_{(Goblet of Fire, Chapter 12, The Triwizard Tournament).}

Existem também as criaturas que aparecem nas aulas de Cuidado com Criaturas Mágicas e Defesa Contra as Artes das Trevas. No entanto, essas criaturas não são adequadamente perigosas e as interações dos alunos com elas são sempre supervisionadas por um professor. Se os ferimentos dos estudantes fossem comuns e comuns, provavelmente Rita Skeeter não precisaria inventar besteiras sobre Flobberworms ao procurar por sujeira em Hagrid.

"I was attacked by a Hippogriff, and my friend Vincent Crabbe got a bad bite off a Flobberworm," says Draco Malfoy, a fourth-year student.
_{(Goblet of Fire, Chapter 24, Rita Skeeter's Scoop)}.

Muitas das criaturas mais temíveis em Hogwarts não são tão perigosas. Eles podem até ser bastante brincalhões.

Harry walked slowly along the deserted corridor, peering out of the windows as he went; he could see people messing around in the air over the Quidditch pitch and a couple of students swimming in the lake, accompanied by the giant squid.
_{(Order of the Phoenix, Chapter 38, The Second War Begins).}

...they wandered down to the lake and flopped under a tree. The Weasley twins and Lee Jordan were tickling the tentacles of a giant squid, which was basking in the warm shallows.
_{(Philosopher's Stone, Chapter 16, Through the Trapdoor).}

A criatura mais perigosa de todas foi o Basilisco, mas Dumbledore não sabia disso, então não estava em posição de removê-lo. Ele teria feito se tivesse essa informação.

São apenas os Dementadores que representam um risco genuíno para os estudantes, dentre as criaturas que Dumbledore conhecia. Dumbledore tomou a precaução de forçá-los a permanecer fora dos terrenos do castelo. Ele também alertou os estudantes sobre como eles eram perigosos.

Dumbledore cleared his throat and continued. "As you will be aware after their search of the Hogwarts Express, our school is presently playing host to some of the Dementors of Azkaban, who are here on Ministry of Magic business."
He paused, and Harry remembered what Mr Weasley had said about Dumbledore not being happy with the Dementors guarding the school.
"They are stationed at every entrance to the grounds," Dumbledore continued, "and while they are with us, I must make it plain that nobody is to leave school without permission. Dementors are not to be fooled by tricks or disguises - or even Invisibility Cloaks," he added blandly, and Harry and Ron glanced at each other. "It is not in the nature of a Dementor to understand pleading or excuses. I therefore warn each and every one of you to give them no reason to harm you. I look to the Prefects, and our new Head Boy and Girl, to make sure that no student runs foul of the Dementors."
_{(Prisoner of Azkaban, Chapter 5, The Dementor).}

Os dementadores, como as outras criaturas, são perigosos. No entanto, eles são os únicos que atacam as crianças sem provocação (quando chegam à partida de quadribol e quando atacam Harry no final). Eles estavam lá apenas porque o Ministério insistiu em sua presença, alegando que Sirius Black era mais perigoso.

"Rosmerta, m'dear, I don't like them any more than you do," said Fudge uncomfortably. "Necessary precaution...unfortunate, but there you are...they are here to protect you all from something much worse...we all know what Black's capable of..."
_{(Prisoner of Azkaban, Chapter 10, The Marauder's Map).}

Então, em resumo, as criaturas realmente perigosas são mantidas fora de perigo. Harry só encontra tantos deles porque continua violando as regras (e, fora do universo, para gerar empolgação pelo enredo).

As crianças poderia foram melhor protegidos, é verdade. Mas Hogwarts não é realmente esse tipo de lugar. É o tipo de escola que, ironicamente, o tio Vernon aprovaria, onde você está exposto a perigos e riscos e é forçado (dentro da razão) a se defender. Hogwarts não envolve seus filhos em algodão.

Claro, isso não quer dizer que a natureza perigosa de Hogwarts tenha escapado da sátira ...

Quanto ao motivo pelo qual a Pedra Filosofal foi mantida em Hogwarts, é porque esse era o lugar mais seguro para ela.

Gringotts is the safest place in the world fer anything yeh want ter keep safe - 'cept maybe Hogwarts.
_{(Philosopher's Stone, Chapter 5, Diagon Alley).}

Quando Dumbledore e Flamel perceberam que a segurança do Stone em Gringotts estava comprometida, eles o levaram ao local que julgaram ser o próximo lugar mais seguro. Desde que entrou em Hogwarts sem ser detectado não é exatamente fácil eles provavelmente pensaram que este era um bom lugar. Além disso, a escola estava sob a vigilância constante de Albus Dumbledore, o que aumentava significativamente sua segurança. Como a Pedra dá imortalidade, eles não gostariam de se arriscar com sua proteção. Dumbledore teria concluído que qualquer arrombamento ocorreria depois do anoitecer de qualquer maneira, quando os estudantes estivessem a salvo em suas salas comuns e fora do caminho. Portanto, a segurança dos estudantes não foi realmente afetada por ter a Pedra Filosofal por perto. E não havia outros 'artefatos' que levassem alguém a querer invadir depois que a Pedra fosse destruída.

Macio estava lá para proteger a Pedra Filosofal. Dumbledore avisa os alunos para ficarem longe daquele corredor e apenas Harry, Ron, Hermione e Neville tropeçaram nele porque estavam esgueirando-se além da hora de dormir.

Basilisk, Aragog: O basilisco estava lá desde quase o início da escola, posto lá por ninguém menos que Salazar Slytherin. Ninguém o colocou lá ou o permitiu dentro da escola voluntariamente. Semelhante é o caso de Aragog: Hagrid o obteve ilegalmente quando estava na escola e depois o criou na Floresta Proibida.

O resto das criaturas ao longo dos livros fazia parte da classe Cuidado das Criaturas Mágicas de Hagrid ou elas viviam na Floresta Proibida. Não é como todas as criaturas perigosas do mundo mágico viviam apenas em Hogwarts, mas como era uma floresta, é natural que as criaturas morem lá. Também ficou evidente nos livros que as criaturas eram cuidadas por (unicórnios), treinadas por (testrálios, até certo ponto até acromantulas), ou viviam em harmonia com os funcionários (centauros) Hagrid e Hogwarts.

Para que eles possam estudá-los e aprender suas fraquezas e vantagens, caso se encontrem com eles em suas vidas futuras.