Com a importante exceção do sal, há pouca ou nenhuma diferença entre adicionar itens ao saco pré-cozimento, cozimento médio ou pós-cozimento. Vá em frente e faça isso, mas não há razão para se preocupar com isso. Tudo o que você está fazendo é adicionar etapas e potencialmente esfriar a comida (o que é um risco).
Isso simplesmente não faz diferença. As moléculas são grandes demais para penetrar na superfície da carne. Você está apenas revestindo a superfície da carne, o que pode ser feito a qualquer momento.
Esta é uma afirmação impopular porque parece contrária à maneira como a maioria das pessoas cozinha e não é intuitiva, mas ele é verdade: a fumaça líquida não está quimicamente fazendo nada à sua carne enquanto estiver cozinhando. É apenas um condimento ou molho no qual você deseja cobrir sua comida. Isso seria diferente se você estivesse cozinhando algum tipo de marinada quimicamente ativa que amaciando a carne ou algo assim, mas não vejo muitas receitas que tentem isso.
Outra razão pela qual isso “parece” errado é porque estamos acostumados a cozinhar pratos como este como refogadas ou outras aplicações de calor mais alto, onde os componentes do próprio líquido de cozimento podem se transformar a partir do calor. Por exemplo, alho ou mirepoix em um saco SV nunca cozinham em temperaturas tradicionais. Apenas não está quente o suficiente para desenvolver seu sabor. Mas estamos muito acostumados a cozinhá-los com carne em temperaturas mais altas.