Por que o T-1000 continuou a perseguir John Connor se sua missão já havia falhado?

Simplificando, a Skynet não foi destruída; apenas foi adiada (sugestão Rise of the Machines).

Além disso, como comentou Anthony Grist, você provavelmente está atribuindo muito pensamento humano ao T-1000. Era uma máquina avançada, mas ainda apenas uma máquina. Foi programado para matar John Connor, e foi para isso que ele trabalhou.

Também é provável que o T-1000 não conhecesse as origens da Skynet. Não havia nenhuma razão para a Skynet programá-lo com esse conhecimento, pois essas informações não teriam qualquer influência sobre sua missão. Portanto, John e sua equipe explodindo a Cyberdyne teriam sido uma curiosidade para o T-1000, mas dificilmente uma preocupação.

Está faltando um detalhe importante - o Dia do Julgamento ainda não havia sido evitado. Os avanços da Cyberdine surgiram por causa da presença de um T-800 (embora em estado degradado). No momento em que o prédio e seu conteúdo foram destruídos / roubados, ainda havia um grande número de cientistas e pesquisadores da Cyberdine vivos (que tinham um pouco de familiaridade com a tecnologia). Eles também provavelmente tinham backups externos dos dados coletados, além de projetos, patentes e protótipos.

Além disso, ainda existia um T-800 E um modelo mais avançado na linha do tempo. O T-1000 sabia que sua missão de matar Jon Connor teria sucesso apenas sobre o corpo desativado do T-800. Esse corpo poderia então ser usado para avançar ainda mais na criação da Skynet (o T-1000 deixaria mais do que um chip quebrado e parte de um braço). Também é possível que o T-1000 se submeta às forças armadas para pesquisa.

Finalmente, é perfeitamente possível que o T-1000 simplesmente não se importasse com o futuro da Skynet, como foi apontado por outras respostas.

A novela gráfica "Objetivos secundários" cobriu isso bem.

O objetivo principal era matar John Connor. Mas eles também tinham um objetivo secundário de garantir a criação do Skynet.

Praticamente todos os aspectos da sua premissa são falhos. Enquanto um assassino contratado pode pegar o dinheiro e fugir, ele também pode cumprir o contrato - uma questão de reputação profissional. E se você considera seu "cliente" o objetivo da supremacia de inteligência de máquina e não uma entidade chamada skynet, seu cliente não está necessariamente morto. John Connor é um inimigo conhecido que é capaz e totalmente hostil a esses objetivos. Provavelmente o T-1000 está sem auto-motivação e, portanto, não examina / por que / deve ou não matar John Connor, mas usa sua inteligência para descobrir a melhor maneira de fazê-lo. Não importa o que você pense, não vejo que exista uma razão convincente para deixar John Connor em paz - talvez existam razões táticas e / ou estratégicas, mas essas razões dependem de coisas que não sabemos. Não há óbvio "vá embora agora" de que somos informados. Se o T-1000 era uma personalidade carregada, de modo que sua motivação era inteiramente humana, ele ainda poderia ter tentado matá-lo.

No mundo Terminator, futuros alternativos são possíveis. Como exemplo, considere Citações de Sarah Connor no final do Terminator 2: Dia do Julgamento:

August 29, 1997, came and went. Nothing much happened. Michael Jackson turned 40. There was no Judgment Day. People went to work as they always do. Laughed, complained, watched TV, made love. I wanted to run to through the street yelling to grab them all and say, "Every day from this day on is a gift. Use it well." Instead, I got drunk. That was 30 years ago. But the dark future which never came still exists for me. And it always will, like the traces of a dream. John fights the way differently than it was foretold. Here, on the battlefield of the Senate his weapons are common sense and hope.

Portanto, assim como um segundo Terminator pode ser enviado de volta porque:

even though in the first film, the Terminator was destroyed, yet enough of it was intact so that the Cyberdyne project could continue

presumivelmente, o T-1000 considerou que seus componentes poderiam ser usados ​​para continuar o Cyberdyne, mas depois em uma linha do tempo diferente (e com diferentes cientistas).

Compará-lo a um assassino contratado está errado. Ele não está pensando: "Bem, agora eu não vou ser pago! Que inferno!" Ele ainda é uma máquina e tem essa mentalidade - suas ordens (podemos assumir com segurança) eram matar John Connor, não matar John Connor enquanto a Cyberdyne Systems ainda estivesse no negócio e a Skynet ainda "no futuro". Ele é mais como um soldado a quem foi dada uma ordem - ele continuará a seguir essa ordem até que ela seja concluída ou se ele receber outra ordem.

Ou ainda, mais ainda, um programa de computador em execução não para se a pessoa que o executou tomba e morre de ataque cardíaco.

Por que a Skynet o programaria com esse nível de capacidade de tomada de decisão?

Mesmo se ele foi capaz disso, BTW, ele provavelmente continuaria com sua missão, porque não pode afirmar com certeza que a Skynet e a guerra foram impedidas (ele ainda não pode ver o futuro).