O ATC é sempre responsável pela separação IFR-IFR, independentemente das condições meteorológicas. Esse é o seu mandato principal e todos os outros serviços são fornecidos com base na permissão de carga de trabalho.
Em condições meteorológicas visuais, pilotos de aeronaves IFR são também responsáveis por ver e evitar outras aeronaves. Mas para o tráfego IFR, claro, isso nem sempre é possível, já que a aeronave pode entrar e sair das nuvens.
Se ocorrer uma perda de separação (na pior das hipóteses, uma colisão) entre duas aeronaves IFR, o ATC será considerado responsável (assumindo que os pilotos seguiram as instruções do ATC). Se a análise indicar que os pilotos poderiam ter visto um ao outro, eles também seriam responsabilizados.