tl; dr - O estado de alerta não se empilha com a pedra romboide azul escura, mas se empilha com a versão rachada.
Como os Bônus Empilham
The important aspect of bonus types is that two bonuses of the same type don't generally stack... Bonuses without a type always stack, unless they are from the same source.
Fonte: d20pfsrd
Pedra romboide azul escuro Ioun: Não
A pedra concede ao usuário o talento Alertness. Não é compatível com o talento Alertness, porque ambos são da mesma fonte (Alertness).
Pedra rachada de Ioun: Sim
A versão rachada da pedra não concede Prontidão, concede um bônus de competência. O estado de alerta pode se acumular com esse bônus porque eles vêm de duas fontes diferentes. A chave aqui é que os tipos de bônus precisam ser diferentes. Como os bônus são de tipos diferentes, eles se acumulam.