Tenha mais de um vilão - e desenvolva todos os seus vilões em personagens completos que, além de seu lado escuro "vilão", tem traços neutros e bons também.
Ir para o realismo em termos de caráter. Ninguém é inteiramente bom ou mau. Todo jogador de poder tem algo de bom neles (e pode também ser o pai de um de seus PCs. Especialmente se o PC for chamado Luke. :))
No caso do vilão "amigável", cuja agenda você deseja que os PJs continuem, concentre-se nas características positivas. Ilustre-os regularmente, mas nem sempre, lançando luz direta sobre eles (isso seria óbvio demais), mas sutilmente, através de dicas e pistas, e contrastando-os com os traços negativos do "inimigo".
Exemplo: quando um PC é atingido por um mafioso rival, ele é levado para um hospital por alguns dias, onde acidentalmente ouve uma conversa entre uma mulher e um médico. Acontece que ela é a esposa de seu amigo Don Villainetti e está entrevistando o médico sobre as necessidades do hospital, pois ela e o marido estão prestes a doar uma quantia maior à instituição que salvou a vida da filha. O médico (um dos principais membros do conselho do hospital) não quer aceitar a doação, pois teme que os policiais, liderados pelo inspetor-chefe Goodman, um peão do prefeito major, a usem - eles aceitam o dinheiro de Villainetti, ou seja, no jogo político para expulsar a atual diretoria do hospital e preencher as posições com seus lacaios medicamente incompetentes. A esposa de Villainetti responde a isso que ela e o marido sabem disso e estão dispostos a doar anonimamente - o que mostra que eles realmente são gratos. Então, quem é o mal aqui? Claro, todo mundo, um pouco. Pois quando o PC se recupera, ele e a festa são solicitados por Villainetti para organizar uma lavagem de dinheiro para ele. Para o hospital, é claro. Somente para o hospital. O problema é que CI Goodman tem muitos olhos. Alguns devem ser forçados a fechar por um tempo.
Sim, o exemplo acima se encaixaria parcialmente no terceiro ponto da resposta do @ WhiteWolfDM (um bom que eu votei) também. O que estou tentando enfatizar aqui, em contraste com isso, é que deve haver um bom vilão em seu vilão amigável, que ele deve ser um personagem em camadas e bem desenvolvido, mais cinza escuro que preto ... e que seus inimigos, contra quem ele vai usar os PJs, também não deve ser uma simples vítima, na maioria das vezes: elas devem ser figuras cinzentas e totalmente arredondadas. Um policial - que bate em sua esposa (que lentamente o está envenenando.) Um promotor público - que enviou seu marido para a prisão usando evidências falsas e falsas para se livrar dele (porque ele a estava traindo, por sua vez, porque .. ., Porque...)
Você entendeu a idéia, eu acho. Camadas complexas de personalidades opostas, camadas contraditórias de informação, revelações lentas. :)
Mas, como o @valadil disse em um comentário: Cuidado, não exagere. Você não quer que jogadores frustrados se afastem das suas histórias. Dê-lhes sucessos.