A sobretaxa de transportadora (ou "sobretaxa de combustível", se você preferir) é um cálculo separado para a linha de tarifa do ingresso. Vai em uma caixa diferente. No entanto, o dinheiro geralmente vai para a mesma pessoa (a menos que tenhamos voos code-share). Se as sobretaxas da transportadora fossem proibidas (como em algumas jurisdições), os preços dos ingressos não cairiam, o número seria empacotado de maneira diferente no preço total.
Parece que você foi mal informado sobre o cálculo correto, o que o torna essencialmente um assunto contratual e não uma questão de viagem. Se você tiver uma gravação da conversa ou anotações contemporâneas, pode tentar contestá-la com a operadora ou com o emissor do seu cartão de crédito, com base no preço acordado na ligação telefônica que não foi cobrado. Sua chance de sucesso dependerá da sua jurisdição local, de sua atitude quanto aos direitos do consumidor e da atitude de sua empresa de cartão. Eu não aconselho prosseguir com este curso de ação até que o seu bilhete esteja completamente esgotado, embora em alguns casos os prazos se apliquem para contestar cobranças errôneas nos cartões de crédito, geralmente noventa dias.