Janeway.
Janeway é responsável pela Voyager. Se a tripulação do Equinócio se unisse à tripulação da Voyager como a tripulação do Val Jean, Janeway ainda estaria no comando da Voyager - esse é o seu comando concedido pela Frota Estelar. Ransom não recebeu o comando da Voyager. Ele pode ter o mesmo nível que Janeway, mas seu navio é o Equinócio. Se ele decidir abandoná-lo (por qualquer motivo), ele não estará mais capitaneando nenhum navio - e certamente não o Voyager.
Se o Equinox não fosse abandonado, Janeway ainda estaria no comando como declarado em aquele mesmo episódio :
JANEWAY: Normally I'd agree, but right now one of our ships in vulnerable. Chakotay's right, we should make our stand on Voyager.
RANSOM: I don't want to force the issue, but I am prepared to return to the Equinox with my crew. What is the protocol in this situation? We have two Captains and two ships. Who gets the last word?
JANEWAY: Starfleet Regulation one hundred ninety one, Article fourteen. In a combat situation involving more than one ship, command falls to the vessel with tactical superiority. I looked it up this morning.