Como você sabe que as ações dele não a afetaram?
A última vez que vemos Gamora é durante a batalha em que ela briga um pouco com Quill, depois disso não a vemos. Pelo que sabemos, ela realmente sobrevive à batalha e ao estalo de Tony.
Tony poderia tê-la excluído de qualquer maneira
Gamora foi vista lutando pelos mocinhos em campo na batalha e Tony pelo menos sabe o nome dela, porque Quill a mencionou várias vezes na frente dele. É lógico que, durante o tempo fora da tela em Titan, Avengers: Infinity War ele pode tê-la descrito mais para ver se eles a tinham visto. Como tal, ele pode tê-la excluído.
Tony pode não ter visto ela
E se o ponto anterior não flutuar no seu barco, Tony pode não tê-la visto na batalha de qualquer maneira e, como tal, pode tê-la excluído por não saber que ela estava lá para ser agarrada.
Os Stones podem ter decidido
Como Paul D. Waite menciona em um comentário, Tony pode ter decidido acabar com as forças de Thanos e os próprios Stones / Gauntlet podem ter decidido o que constitui alguém que trabalha para Thanos. Como Gamora mudou de lado a essa altura, pode tê-la deixado em paz.