A resposta mais útil à sua pergunta seria:
Não.
Não houve confirmação, seja no universo ou fora dele, a partir de hoje, isso nos diria com quem Nick Fury estava falando no final.Mas existem várias teorias sobre o que isso poderia ser. Tenha em mente que eles podem não estar trabalhando para alguém, mas com alguém, ou até mesmo ter uma linha direta com alguém que Fury gostaria de chamar neste momento, sem necessariamente trabalhando juntos.
1: A organização da Guest House:
Em Agentes de S.H.I.E.L.D., quando Coulson e Garett se infiltram na Casa de Hóspedes, eles encontram pessoas que não eram agentes de escudo. No entanto, eles obviamente trabalharam com Nick Fury para salvar Coulson após sua morte. Eles eram muito bem organizados, obviamente extremamente bem financiados, e prontos para morrer por sua causa, derrubando toda a instalação, se alguém viesse a violá-la. Esses dois guardas definitivamente não eram os criadores, e a questão permanece: quem criou e financiou a Guest House, e que outros segredos eles têm?
Nick definitivamente tinha alguma forma de entrar em contato com essa organização / pessoa, já que ele fez isso da primeira vez, então "controle de chamada, código vermelho" pode ser uma referência a isso. Isso não significa que eles trabalham para essa entidade, apenas que eles têm um número, talvez apenas para emergências.
2: Capitão Marvel
Só porque Nick entrou em contato com ela sem mencionar qualquer "controle" ou "código vermelho" novamente, não significa que a ordem original que ele deu a Hill não tenha sido exatamente a mesma que ele fez alguns segundos depois. O dispositivo para ligar para ela era muito acessível para qualquer pessoa (mas talvez exigisse impressões digitais ou algo para realmente funcionar). Então, talvez Nick tenha dito a Hill para ligar para o Capitão Marvel ou seu time (chamado de "controle"?), E então vê-la sumir, ele decidiu fazer isso em vez disso.
3: Os Vingadores / Vingadores Secretos
Nick Fury parece não ter tido nenhuma interação com os Vingadores durante o filme. Com exceção de Nova York, todos os ataques não eram muito públicos. Logo no início da cena, eles mencionam não ter notícias de Stark, então parece que eles viram Stark "tomando conta" dos invasores de Nova York e saindo em seu navio, e estavam esperando por uma atualização desde então, talvez ficando cada vez mais preocupado depois de receber notícias da Europa ou dos ataques de Wakanda.
Você poderia imaginar Fury, tendo alguma forma de contatar todos os Avengers, incluindo o exilado, decidindo que o Code Red significa que eles são todos necessários agora.
4: O governo
Não só Fury provavelmente revelou que ele está vivo para alguém com poder em algum lugar, para obter recursos e talvez identidades falsas, mas de qualquer maneira Maria Hill está viva e bem para o público. Qualquer um deles poderia ter uma linha de emergência para o exército, a ONU, ou apenas o governo, e a capacidade de enviar alguns códigos de emergência, incluindo o vermelho. Maria Hill trabalhou com o exército dos EUA no final da primeira temporada de agentes de escudo, por isso não é fora do personagem.
5: Outros super-heróis
A iniciativa original dos Vingadores foi um projeto secreto, que foi desfeito, depois revivido quando Loki atacou. Shield tem estado ciente de pessoas superpoderosas por décadas (Agente Carter), e embora existam muito poucas delas (o índice é uma pequena lista), os inumanos se multiplicaram durante os últimos anos após a 2ª temporada de agentes de escudo. Não seria surpreendente que outras iniciativas dos Vingadores tivessem existido, seja com escudo ou como um projeto de Fúria após fingir sua morte. Os eventos da Guerra Civil seriam um bom motivador para convencê-lo a ter um plano B. Não é como se o Universo Marvel não tivesse dezenas de outros super-heróis para escolher, incluindo a maioria dos heróis dos programas de TV. Talvez Fury esteja ligando em "Avengers de backup" já que algo está indo para o sul e Stark não está em lugar nenhum.