Eu não sei sobre o canônico (como em Wolverine o personagem que escolhe as cores), mas de acordo com o Wolverine Costume Guide :
Wolverine's original costume introduced his signature blue and yellow color scheme and other apparel that would become hallmarks of the character's look. Featuring blue gloves, trunks, shoulder pads and winged-boots with a red belt over a yellow spandex body suit highlighted with tiger stripes, this would serve as the basis for most of Wolverine's future costumes. Designed by John Romita Sr., the yellow and blue colors were chosen because it presented a new combination in comics.
O começo do artigo começa com: “Desde a sua introdução em 1974, Wolverine mudou de roupa quantas vezes ele matou ninjas - muito.” No entanto, o azul e amarelo é a sua assinatura, e é o mais terno de Wolverine comumente reconhecido.
Para uma explicação talvez no universo. Em algumas versões do passado de Wolverine, o processo foi-lhe dado como parte do programa Weapon X. Os responsáveis decidiram que gostavam dele em azul e amarelo.