A melhor maneira é forçá-los a lidar com as conseqüências lógicas de suas ações. É ainda melhor se é uma consequência que eles não pensaram ou planejaram.
Se a conseqüência lógica for um TPK, você pode ir com isso, ou usar Deus ex Machina para salvar os PCs e manter o jogo em andamento (mas penalizar os jogadores de maneira astuciosa).
(edit) Não leu a pergunta corretamente. Se você quer jogar espontaneidade neles, tenho algumas idéias:
- Um NPC, ou grupo de NPCs, que também está envolvido em ações espontâneas, que de alguma forma sempre causam inconveniência aos PCs. Um culto? Piratas? Anarquistas?
- efeitos ambientais. (tempestade de íons? chuva de meteoros? explosão solar?)
- Avarias nos sistemas, seja em suas próprias naves ou no navio, eles estão se esgueirando - alguns deles ajudarão, alguns vão doer, alguns podem ser (mau funcionamento da gravidade artificial)
Faça um gráfico antes do tempo e role para o que acontece - se é algo que TPK faria ou impossibilitava a conclusão da missão ou uma coisa fácil, você pode querer recomeçar.