Quando Dumbledore explica por que ele não aparatou na casa de Slughorn, ele diz o seguinte:
In any case, most Wizarding dwellings are magically protected from unwanted Apparators.
Harry Potter and the Half-Blood Prince, Chapter 4
A casa de Slughorn não era protegida por Fidelius, e Hogwarts também não é protegida, o que também sabemos que tem magia anti-aparição. Assim, parece bem provável que existam dois encantamentos / magias diferentes: o Feitiço de Fidelius e o que impede a Aparição. Parece-me que, se você estiver preocupado com a segurança, terá os dois.
Também é significativo notar que é possível aparatar dentro de 12 Grimmauld Place, apesar de quaisquer proteções que tenha, como Fred e George aparatam nos quartos de outras pessoas no livro cinco.