Eles empilham.
A caixa misc na folha de personagem é um lugar para todos os modificadores diversos que o personagem recebe. É claro que, se você receber dois bônus do mesmo tipo, eles não acumularão, mas nesse caso eles são diferentes - bônus +2 racial , +3 habilidade em classe bônus = +5 na caixa "misc".