Estou bastante confiante de que tudo vai correr bem.
Eu procurei por PDFs de ingressos da RENFE que eu ainda tenho no meu computador, e nenhum deles parece ter meu número de passaporte neles, ou até mesmo meu nome. Eu não me lembro de ter meu ID checado quando embarquei em um AVE, eles apenas examinam seu ingresso. O número do passaporte / cartão de identidade parece ser opcional no site da RENFE.
Como outros já comentaram, na maioria dos países você terá seu antigo passaporte de volta, então você pode trazer os dois para ter certeza absoluta.