A trilogia Airborn, de Kenneth Oppel, parece um bom ajuste a partir da descrição.
Os navios usam um gás especial chamado hydrium e o mundo tem várias criaturas voadoras que são específicas para este universo.
No primeiro livro chamado Airborn (2004), o personagem principal, um menino jovem, está a bordo de uma aeronave quando atacado por piratas e o navio fica preso em uma ilha. No segundo livro chamado Skybreaker (2005), o menino agora um pouco mais velho (jovem) faz parte de uma missão para embarcar em um dirigível que pode viajar mais alto do que os dirigíveis normais e chegou a uma região ártica. Quando embarcam, são atacados por uma criatura de tentáculos que pode causar choques elétricos.Atualizar
Eu fiz um pouco de pesquisa extra depois de ser solicitado por um dos comentários abaixo e encontrei um trecho do primeiro livro da trilogia Airborn (que pode ser encontrado aqui ).
O gás de sódio é descrito como aromatizado de manga. Então definitivamente tinha um aroma frutado.
O navio que é atacado por piratas é descrito como um avião de luxo na descrição do livro no site do autor ( aqui ).
O trecho menciona que o navio pirata e o navio de luxo colidiram por causa de uma tempestade.