Os agentes nem sempre trabalham em grupos de três. Às vezes eles trabalham em pares ou até mesmo sozinhos. Por exemplo, Agente Thompson foi o único agente que apareceu no Burly Brawl (onde o corpo que ele possuía foi assimilado por Smith ). Outro exemplo é o Agente Fine , que foi o único agente a aparecer nos quadrinhos " Congelamento do sistema ".
O agente Smith encontrou-se com Cypher sozinho, porque agentes adicionais não eram necessários. Os outros agentes podem estar ocupados com outras tarefas no momento e, possivelmente, até mesmo trabalhar com um dos outros agentes ativos na matriz (por exemplo, Agent Jones é visto trabalhando com Agente Finn nos quadrinhos " Um caminho entre pedras "). Além disso, pode parecer suspeito para os clientes do restaurante para ver vários agentes (todos vestidos em trajes idênticos) reunião com um outro homem. Vários agentes também seriam mais visíveis e tornariam mais provável que Sião detectasse a reunião.
Por outro lado, não fazia sentido para os outros agentes que o agente Smith os mandasse sair durante o interrogatório de Morpheus. Esse interrogatório era a tarefa mais importante para os Agentes na época (isso lhes daria acesso ao mainframe de Zion), então os outros Agentes não tinham uma razão para trabalhar em alguma outra tarefa. Além disso, os outros agentes já estavam presentes, eles estavam em um local seguro (não um lugar público como um restaurante), e Zion já sabia que os agentes tinham Morpheus.