Soa um pouco como Agora espere pelo ano passado por Philip K. Dick, embora eu ache que não é O livro em que você está pensando, porque no livro de Dick não há pílulas de cores diferentes e o livro não é principalmente sobre viagens no tempo. Ainda assim, pensei em mencioná-lo apenas no caso (e também para incentivar as pessoas a lerem o livro de Dick: -).
Ou possivelmente Cryptozoic! de Brian Aldiss. Eu não tenho uma cópia deste livro, mas a descrição na Wikipedia parece plausível.