Preso em Azkaban.

Em Pottermore, A Família Malfoy dá uma pista sobre o que aconteceu depois da guerra:

Abraxas’s son, Lucius, achieved notoriety as one of Lord Voldemort's Death Eaters, though he successfully evaded prison after both Lord Voldemort's attempted coups. On the first occasion, he claimed to have been acting under the Imperius Curse (though many claimed he called in favours from high-placed Ministry officials); on the second occasion, he provided evidence against fellow Death Eaters and helped ensure the capture of many of Lord Voldemort's followers who had fled into hiding. His son, Draco, was saved by Harry Potter during the Battle of Hogwarts, and currently resides at the family estate in Wiltshire.

Georgina: Did Lucius Malfoy, and all the other escaped Death Eaters, go back to Azkaban?

JKR: No, the Malfoys weaseled their way out of trouble (again) due to the fact that they colluded (albeit out of self-interest) with Harry at the end of the battle.

JK Rowling disse em uma entrevista de 2007 com a NBC que Harry e Ron “Revolucionaram totalmente” os aurores e, presumivelmente, os sistemas de justiça do ministério. No caso de Draco, acho que Harry viu a capacidade de remorso e poderia estar disposto a oferecer uma segunda chance a Draco.

ETA: Uma coisa que fica clara no topo da torre de astronomia é que Draco está sendo coagido, não agindo por livre-arbítrio. Acho que o filme mostrou isso melhor (embora o livro tenha uma passagem muito parecida):

Dumbledore: “Years ago, I knew a boy who made all the wrong choices. Please let me help you.”

Malfoy: “I don’t want your help. Don’t you understand? I have to do this. I have to kill you… or he’s gonna kill me.”

Acho que isso aumenta a ideia de que Harry gostaria de dar uma segunda chance a Draco.

Eu não sei exatamente que forma a justiça do Ministério assumiu depois de Voldemort. Tenho certeza de que Harry teria assegurado que a execução estava fora da mesa (no espírito de Moody e Dumbledore, se nada mais). Do mesmo bate-papo do Bloomsbury:

Steph: Will Azkaban still use Dementors?

JKR: No, definitely not. Kingsley would see to that. The use of Dementors was always a mark of the underlying corruption of the Ministry, as Dumbledore constantly maintained.

Então podemos inferir que Azkaban ainda era usado como uma prisão, com medidas mais humanas do que antes. Isso seria onde a maioria dos Comensais da Morte terminaria.

E no mesmo chat novamente, ficamos sabendo que não foram apenas os Comensais da Morte totalmente pagos que receberam esse tratamento:

Pablo: What is toadface Umbridge doing now?

JKR: Glad to see you like her as much as I do! She was arrested, interrogated and imprisoned for crimes against Muggle-borns.

Eu imagino que Harry, Rony e Hermione pressionaram muito por essa legislação e retribuição (e se orgulharam quando Umbridge foi condenada).

Alguns dos Comensais da Morte foram capturados e alguns deles fugiram.

Após a batalha final, os Comensais da Morte que sobreviveram foram capturados e sentenciados, ou então fugiram após a morte do Lorde das Trevas em uma tentativa de escapar desse destino.

“He must speak to the bereaved, clasp their hands, witness their tears, receive their thanks, hear the news now creeping in from every quarter, as the morning drew on, that the Imperiused up and down the country had come back to themselves, that Death Eaters were fleeing or else being captured, that the innocent of Azkaban were being released at that very moment, and that Kingsley Shacklebolt had been named temporary Minister for Magic …”
_{^{- Harry Potter and the Deathly Hallows, Chapter 36 (The Flaw in the Plan)}}

Muitos foram capturados, mas alguns podem ter escapado mais permanentemente - não há nada indicando quantos dos Comensais da Morte foram capturados e sentenciados, ou quantos escaparam.