O feitiço Make Whole pode reparar uma pérola quebrada que tenha peças em falta?

Não.

D & D 3,5

Primeiro, vamos dar uma olhada nas regras para as magias:

Mending: repairs small breaks or tears in objects (but not warps, such as might be caused by a warp wood spell).It will weld broken metallic objects such as a ring, a chain link, a medallion, or a slender dagger, providing but one break exists.

Ceramic or wooden objects with multiple breaks can be invisibly rejoined to be as strong as new. A hole in a leather sack or a wineskin is completely healed over by mending...

Ok, então começar com Mending está claro que isso só corrige as quebras e as lágrimas. Não há nada a dizer que possa criar material novo para substituir o que foi perdido anteriormente.

Make Whole : This spell functions like mending, except that make whole completely repairs an object made of any substance, even one with multiple breaks, to be as strong as new... The spell does not repair items that have been warped, burned, disintegrated, ground to powder, melted, or vaporized...

Make Whole simplesmente leva isso a um nível, reparando qualquer quantidade de quebras em qualquer substância, mas mais uma vez não há menção de criar material de substituição. Tudo o que ele faz é "unir de forma invisível" partes de itens existentes.

É basicamente uma quantidade infinita de super-cola mágica.

Pathfinder

Você pode achar útil saber que no Pathfinder está explicitamente declarado que você exige que todas as partes do item para Make Whole funcionem.

Tornar todo :

This spell functions as mending, except that it repairs 1d6 points of damage per level when cast on an object or construct creature (maximum 5d6).

Remendar

All of the pieces of an object must be present for this spell to function.

É melhor você procurar por esses outros dois pedaços!

Sim / talvez / até DM (odeio a última afirmação)

Como você pode ver abaixo, a magia identifica especificamente 7 situações que não são "consertadas" por esta magia ("deformada, queimada, desintegrada, moída a pó, derretida ou vaporizada ... ou criaturas"), mas não identificar peças faltantes como uma condição que não funciona.

Além disso, a magia menciona várias quebras, mas novamente permanece em silêncio sobre as partes que faltam. Embora o RAW não seja explicitamente proibido, diferentes DMs podem governar de maneira diferente com base nessa omissão, uma vez que não é explicitamente autorizado. (Como evidenciado por duas respostas diferentes à sua pergunta, embora nós dois citarmos a mesma fonte.)

Tornar todo

This spell functions like mending, except that make whole completely repairs an object made of any substance, even one with multiple breaks, to be as strong as new. The spell does not restore the magical abilities of a broken magic item made whole, and it cannot mend broken magic rods, staffs, or wands. The spell does not repair items that have been warped, burned, disintegrated, ground to powder, melted, or vaporized, nor does it affect creatures (including constructs).

Remendar :

Mending repairs small breaks or tears in objects (but not warps, such as might be caused by a warp wood spell). It will weld broken metallic objects such as a ring, a chain link, a medallion, or a slender dagger, providing but one break exists.
Ceramic or wooden objects with multiple breaks can be invisibly rejoined to be as strong as new. A hole in a leather sack or a wineskin is completely healed over by mending. The spell can repair a magic item, but the item’s magical abilities are not restored. The spell cannot mend broken magic rods, staffs, or wands, nor does it affect creatures (including constructs).