but is one not supposed to not return to Japan, for a period of time, after departing for the first time?
Não, não existe tal regra. Se ficassem por 90 dias e retornassem após uma excursão, eles ficariam desconfiados, é claro, já que seria como se você estivesse morando no Japão por meio de vistos, mas não durante uma visita tão curta.
Você será bom.