Provavelmente não. Um consulado de Schengen só deve aceitar pedidos de visto de pessoas que residem na jurisdição do consulado. Há uma exceção, mas parece que, na prática, o limite para invocar essa exceção é muito alto.
Artigo 6 do Código do visto Schengen :
Article 6
Consular territorial competence
An application shall be examined and decided on by the consulate of the competent Member State in whose jurisdiction the applicant legally resides.
A consulate of the competent Member State shall examine and decide on an application lodged by a third-country national legally present but not residing in its jurisdiction, if the applicant has provided justification for lodging the application at that consulate.
Como residente do Paquistão, portanto, para se inscrever na Malásia, você deve estar na Malásia e deve ter uma boa razão para não se candidatar no Paquistão.
Exemplos de "boas razões" podem ser encontrados na secção 2.8 do Manual para o Processamento de Pedidos de Visto (pdf) . Os exemplos indicam que a razão deve ser algo como (1) uma ausência planejada durante o período de três meses permitido para uma solicitação ou (2) uma circunstância urgente imprevista. Evidência anedótica sugere, no entanto, que pelo menos alguns consulados se recusam a considerar pedidos de não-residentes.
Além disso, você provavelmente está ciente dos seguintes pontos, mas eles também devem ser notados. Primeiro, se você pode solicitar o visto em um posto consular da Holanda depende de onde você planeja viajar. Em segundo lugar, para se qualificar para um visto como um membro da família de um cidadão da UE, você deve viajar ou ingressar no membro da família cidadão da UE.