Isso é sensato na minha opinião, já que é muito menos esforço do que checar todos os pais viajando com um filho (mesmo nome ou não). Se o garoto tiver o passaporte, o responsável legal não tentou impedir a criança de sair do país.
Assim, a questão para sua esposa será (se houver alguma) provar que ela é a mãe, o que pode ser feito com uma certidão de nascimento. Feito isso, as autoridades assumirão que ela tem a sua permissão para levar a criança ao exterior, já que ela tem o passaporte da criança.
Então eu traria a certidão de nascimento ou uma cópia autenticada, só para ter certeza de que não haverá problemas ao sair do país.