Como o voo Amsterdã para Budapeste é dentro de Schengen, você passa pelo controle de imigração e passaportes em Schiphol, no aeroporto de Amsterdã.
Você só passará pela alfândega quando sair da área de vôo do aeroporto, você passará pela alfândega (os canais verde e vermelho onde você declara o que trouxe se tiver algo) em Budapeste.
Como passageiro em trânsito, que não precisa levantar a bagagem e fazer o check-in, você não sairá da área de voo de Schiphol, no aeroporto de Amsterdã. O aeroporto é basicamente dividido em alguns terminais, mas eles estão ligados a ambos os lados das paredes de segurança e você sempre pode andar de uma parte para a outra.
Então você não passaria pela alfândega na Holanda, você faz isso quando chega na Hungria.