Não há comentários dos cineastas (que eu possa encontrar) que cobrem este assunto específica de caixa de gravação, mas parece evidente que é ...
.. porque a Arca se recusa a ser marcada pelo mal que é representado pelas marcas nazistas.
Símbolos nazistas levam uma surra ou são ridicularizados muito no filme e este é apenas outro exemplo ... embora com impacto mais visceral.
Outros incluem ...
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Uma bandeira nazista é usada como corda
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Indy quebra o ornamento do carro nazista (IIRC)
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Um macaco faz uma saudação nazista