Resposta curta: A causa da imortalidade é diferente
Resposta mais longa:
Jack Harkness foi trazido de volta à vida por Rose Tyler enquanto ela estava cheia do poder do Vórtice do Tempo que impulsiona os Tardis . Enquanto ela quis dizer bem, ela realmente não entendeu o poder que ela estava usando, e em vez de apenas trazê-lo de volta à vida, ela fez de sua vida um ponto fixo no tempo e no espaço. O próprio universo agora exige que Jack não esteja apenas vivo, mas em forma e bem. É por isso que ele se regenera.
O recém-imortal no Dia dos Milagres não foi transformado em pontos fixos semelhantes; a reversão do campo mórfico significa apenas que eles não podem morrer. Eles não têm mais capacidade de curar e regenerar do que quando eram mortais.