Neo não precisou lutar contra os agentes depois que ele se convenceu de que era ele. Antes de conhecer o Arquiteto, ele pensou que o propósito do Um era basicamente usar suas habilidades para ajudar os rebeldes de Sião a libertarem mais humanos da Matriz e eventualmente destruí-lo. (Ajudar seus companheiros rebeldes de Zion é por que ele lutou contra os Agentes atualizados no início de Reloaded - ele estava ajudando-os a escapar da Matrix depois da Reunião de Crise atrasando os Agentes.) Após seu encontro com o Arquiteto, ele percebeu que
the One was never meant to end anything...it was all another system of control.
transcript for The Matrix Reloaded
Com a ajuda do Oracle, Neo percebeu que precisava derrotar Smith de alguma forma para acabar com a guerra e salvar a humanidade:
Oracle: Everything that has a beginning has an end. I see the end coming. I see the darkness spreading. I see death. And you are all that stands in his way.
Neo: Smith.
Oracle: nods Very soon he’s going to have the power to destroy this world, but I believe he won’t stop there; he can’t. He won’t stop until there’s nothing left at all.
Neo: What is he?
Oracle: He is you. Your opposite, your negative, the result of the equation trying to balance itself out.
Neo: What if I can’t stop him?
Oracle: One way or another, Neo, this war is going to end. Tonight, the future of both worlds will be in your hands… or in his.
transcript for The Matrix Revolutions
É claro que Neo teve que lutar e derrotar Smith para acabar com a guerra e salvar a humanidade tanto na Matrix quanto no mundo real (Neo teve que lutar fisicamente contra Bane-Smith no real). mundo para salvar seu corpo físico). Com essa percepção, Neo fez um acordo com Deus Ex Machina no qual as máquinas honrariam uma trégua com Zion se Neo conseguisse derrotar Smith (que ameaçava não apenas os humanos, mas também as máquinas):
Neo: The program Smith has grown beyond your control. Soon he will spread through this city, as he spread through the Matrix. You cannot stop him. But I can.
Deus Ex Machina: We don't need you! We need nothing!
Neo: If that's true, then I've made a mistake, and you should kill me now.
Deus Ex Machina: What do you want?
Neo: Peace.
transcript for The Matrix Revolutions
Neo conseguiu destruir Smith sacrificando-se , o que de certa forma significa que ele não teve que lutar fisicamente Smith no final - ele só teve que fazer a escolha de lutar com Smith com sua vontade.