As agências de imigração dos estados membros da UE mantêm registos de entrada / saída de cidadãos da UE do espaço Schengen?

Sim, embora não seja totalmente harmonizado, é uma suposição segura para os países mencionados. Decorre de uma proposta aos membros da UE em 2007 (reapresentada em 2011) ...

PNR data is information provided by passengers during the reservation and booking of tickets and when checking in on flights, as well as collected by air carriers for their own commercial purposes. It contains several different types of information, such as travel dates, travel itinerary, ticket information, contact details, travel agent through which the flight was booked, means of payment used, seat number and baggage information. The data is stored in the airlines' reservation and departure control databases.

Many states access PNR data for the purpose of fighting serious crime and terrorism. PNR data has been used manually for almost 60 years by customs and law enforcement authorities around the world. Technological developments have made it possible to use PNR data more systematically for law enforcement purposes.

Fonte: Passageiro Registro de Nome (PNR)

A situação atual é que a maioria dos Estados membros aprovou sua legislação nacional e implementou a proposta ou em uma fase avançada de teste.

Currently up to 16 EU countries have decided to collect PNR data, according to Timothy Kirkhope, a British Conservative MEP who steers the file through Parliament. But because there is no EU framework, he said, “airlines have no clarity on how to process the data, and passengers have no clear EU-wide rights to protect booking information such as credit card details, seat number and emergency contact”.

Statistics from the Parliament show that most EU countries already have their own PNR systems in place. In 2013, the European Commission spent €50 million to start domestic PNR collection in 14 member states.

Fonte: Passaporte do nome do passageiro passa a primeira barreira no Parlamento

O Reino Unido promulgou a legislação em 2008 na forma de um instrumento legal: The Immigration and Police (Passenger, Crew and Service Information) Ordem 2008

Em 2010, a Comissão Europeia emitiu uma comunicação sobre a partilha desta informação com Estados não membros: Sobre a abordagem global das transferências de dados dos registos de identificação dos passageiros (PNR) para países terceiros s

No início deste ano, 16 de julho de 2015, a proposta foi submetida a votação e realizada por uma pequena maioria. O quadro completo da UE e a harmonização pelos membros serão presumivelmente concluídos em 2016.

... um cidadão holandês viajando em um passaporte holandês através de um aeroporto internacional alemão para um país asiático deve ser registrado?

Tendo dito tudo isso, nos voltamos para sua pergunta específica. A Holanda tem um sistema PNR compatível com a UE e ainda está formalmente em fase de testes. A Alemanha ainda não desenvolveu um PNR compatível com a UE, mas usa a versão que implementou antes da proposta ser feita. Portanto, a resposta à sua pergunta ainda é "sim", mas os dados originários da Alemanha não são mantidos em um formato compatível com a UE.

Se sim, por quanto tempo essas informações são mantidas?

The main legislative instrument at EU level governing this field was the Data Retention Directive, which was adopted in November 2006 following the Madrid terrorist train bombings in 2004 and the public transport bombings in London in 2005. These resulted in a text which gave room for different applications at national level and which did not guarantee a sufficient level of harmonisation.

Fonte: Passaporte do nome do passageiro passa a primeira barreira no Parlamento

faz diferença se os portais automáticos do ePassport forem usados em vez dos oficiais humanos?

Nenhuma diferença, o processo de inspeção de fronteira não desempenha um papel na coleta de informações. De acordo com a proposta, as informações são coletadas no momento da reserva e da reserva.

A partir de dezembro de 2015, não existe sequer um registo de entradas e saídas de Schengen para os titulares de vistos , para não falar de cidadãos da UE ou nacionais de países terceiros isentos da obrigação de visto. Para os cidadãos da UE, as regras de Schengen não impõem qualquer registo ou mesmo qualquer outra coisa que não a verificação manual de documentos (em contrapartida, os dados relativos aos nacionais de países terceiros devem ser verificados em relação às listas de pessoas proibidas ou procuradas). Alguns países buscam 100% de pesquisas em bancos de dados, mesmo para pessoas que viajam com passaporte da UE (especialmente contra listas de documentos roubados ou inválidos), mas isso também não é obrigatório.

Dependendo do país, as idas e vindas podem, portanto, ser registradas com base nos registros das companhias aéreas ou em uma varredura na fronteira, mas essas informações não são compartilhadas ou consolidadas. Como GayotFow já explicou, isso está previsto para mudar, mas ainda é um processo contínuo.

Se o fizerem, pelo menos não o fazem de forma consistente e sistemática.

Eu tinha um passaporte europeu sem RFID até poucos meses atrás - sempre que cruzava as fronteiras externas de Schengen, os guardas de fronteira olhavam para a página de identificação e acenavam para mim, sem gastar tempo suficiente para anotar nada, nem digitalize a zona legível por máquina com um dispositivo que possa fazer qualquer registro.

É tecnologicamente concebível que as informações dos passaportes RFID estejam sendo registradas, mas duvido.

(E, certamente, o guarda de fronteira que está no posto de saída de um aeroporto alemão não saberia que o cidadão holandês em seu cenário estava indo especificamente para esse país asiático).