Veja como eu sempre entendi a planilha:
O espaço do Modificador é onde você coloca o Modificador de Capacidade - assim, com um STR de 14, você adicionaria +2 (página 36 em ambos os livros "Heróis de ...".) Esta caixa é útil para poderes que têm um secundário efeito. Por exemplo, um ataque também pode dar aos aliados X Pontos de Acerto Temporário, onde X é igual a um certo Modificador de Capacidade.
Como mencionado nas outras respostas, o espaço "Verificar" é onde você coloca o seu TOTAL. Este é o valor que você usaria para um Teste de Capacidade (usando STR bruto para abrir uma porta), ou um Teste de Habilidade (Usando Atletismo baseado em STR para escalar uma parede) .
O Misc. espaço é onde eu costumo colocar modificadores especiais. Normalmente, isso é +5 para uma habilidade treinada, +2 para um bônus racial ou de apresentação ou -1 / -2 para uma penalidade de armadura. Eu não costumo escrever a metade do seu nível de matemática, já que isso é sempre uma parte de ambas as verificações.
Para a Arma / Poderes, se você não tiver um DDI e não estiver usando o criador de personagens online, provavelmente vai querer usá-los para os seus ataques mais comuns. Geralmente, tenho a tendência de voltar a escrever os cálculos reais no verso da minha planilha e apenas manter a frente da planilha limpa e legível, de modo que seja fácil se referir ao jogo.