Não, não existe tal substituto, desculpe. O sabor do queijo parmesão é dominado pela tirosina e pelo MSG que contém. Se estes dois estão provocando enxaqueca, então não há alternativa que será ainda mais perto do original no paladar. Tudo o que se pode sugerir como substituto (marmite, certos fungos) é rico em MSG.
É claro que você pode usar "substitutos" em uma receita apenas para fornecer um contraste em massa ou textura, sem tentar igualar o sabor. O que você escolhe em tal situação dependerá da própria receita e de sua preferência pessoal pela combinação de sabores. Será mais como dar um toque completamente novo à receita do que tentar imitar o original. Não podemos dar-lhe uma recomendação geral sobre "o que funcionará" para esse caso, porque não existe uma única coisa.