Sim, absolutamente. A penalidade se aplica. Na verdade, se esse ataque desencadeia a marca, o Defender pode até mesmo fazer um ataque ao PC nesse caso.
Algo importante a ser observado. O idioma usado na entrada de "Marcado" diz "-2 de penalidade nas jogadas de ataque para qualquer ataque que não inclua a criatura marcadora como alvo." (RC 313, emph mine).
Este é um caso clássico quando usado por PCs. Ou o atacante irá desencadear um ataque de oportunidade que, então, acionará a marca do defensor, ou um controlador forçará um monstro a realizar um ataque que ativará a marca. Ambas são grandes estratégias quando estão nas mãos de PCs e não há razão para que elas não funcionem tão bem para os monstros.