Como a Emirates e a Air Asia usam terminais separados na KLIA, você deverá passar pela Imigração da Malásia e Timatic declara:
Malaysia (MY)
Passport required. - Passport and/or passport replacing travel documents must be valid at least six months on date of arrival.
Então, sim, eu recomendo que você renove seu passaporte primeiro, se possível.
Dito isto, uma vez que você tem uma conexão imediata, você
pode argumentar a) que a Emirates os inclua (isso normalmente implica em assinar um aviso onde você concorda com todas as responsabilidades). se você não está autorizado a entrar) e b) Malásia para deixá-lo entrar no país. Mas por que arriscar?