Sendo que alguém que conheço entrou na Turquia em seu passaporte e saiu em sua carteira de identidade sem problemas (alegando ter perdido o formulário de inscrição e conseguindo um novo com apenas um carimbo de saída) você deve estar bem A Turquia, ao contrário da maioria dos países da UE, registra entradas e saídas eletronicamente.
Se você quiser confirmar, no entanto, você sempre pode ir ao aeroporto e pedir para falar com a polícia de fronteira. Os funcionários de alto escalão normalmente falam um pouco de inglês.
Você não precisará de um novo visto eletrônico, já que é basicamente um pré-requisito para entrar. Depois que você entrou, recebeu uma estadia de 90 dias, o que não é invalidado apenas porque o documento de viagem vinculado a ele se perdeu.