Não, eles não vão, já que o radar de vigilância secundária (SSR), como você aponta, não depende de refletir pulsos eletrônicos, mas sim de comunicação digital com um transponder de aeronave.
Os sinais do transponder ainda viajam em linha reta (linha de visão), então, obviamente, colocar um obstáculo muito grande (como uma montanha) próximo a um SSR limitará a cobertura do radar na área atrás do obstáculo.