A menos que você tenha material revestido de metal ou portas de vidro espelhado, o rádio não terá problemas. E, para ser honesto, mesmo se você o fizesse, provavelmente ainda funcionaria bem indo até a madeira ou de qualquer outro lado dos lados das prateleiras, a menos que sejam de metal sólido.
Qualquer tecido sólido irá bloquear o IR. Você poderia ir com um tecido bastante perdido para que a luz possa passar pelos buracos. O controle remoto provavelmente continuará funcionando, mas você também poderá ver as luzes piscando.
Se o amplificador estiver na parte da frente da prateleira, você poderá colocar um pequeno orifício na cortina em linha com o receptor IR no amplificador para permitir que o controle remoto passe. Mas se houver alguma separação entre os dois, você precisará de um grande buraco ou o controle remoto só funciona em uma direção.
Um vidro escurecido ou plástico pode ser sua melhor opção. Alguns irão bloquear o IR, outros não. O problema é poder testar o material sem ter que primeiro comprar algumas portas feitas dele.
Você poderia fazer um teste, pegar um pouco do bastão em plástico de tonalidade limo, é bastante barato, e ver se o seu controle remoto IR funciona com isso com alcance suficiente. Se sim, pegue algumas portas de vidro e adicione o tom. Isso não bloquearia completamente as luzes piscantes, mas as tornaria muito mais fracas.
A outra opção é a abordagem mais direta, colocar algo sobre as luzes piscando. Você poderia usar algo sólido como uma folha de plástico preto na frente de tudo com um recorte onde o receptor de IR é. Ou você poderia usar uma fita colorida escura e colocá-lo apenas sobre as luzes.
Visualmente nem sempre é a melhor abordagem, mas uma vez que tudo lá é escuro, então você poderia colocar algumas portas de vidro bastante transparentes na frente e não seria visível.