A resposta é que ninguém sabe ainda, mas a resposta é provavelmente sim. A razão para isso não ser é que o modo de Deus está literalmente usando um tipo diferente de ki e pelo menos de alguma forma usa princípios diferentes que podem impedir o uso do Kaioken e como ele funciona.
Porque não é explícito no mangá nem no anime (embora eu não tenha acompanhado, mas tenho certeza de que eles ainda estão nos episódios do remake do filme) e não há evidências para pesar uma resposta sobre ambos os lados não há resposta concreta aqui.