Descrição da habilidade de acrobacias:
...you can move through a threatened square without provoking an attack of opportunity from an enemy by using Acrobatics. When moving in this way, you move at half speed. You can move at full speed by increasing the DC of the check by 10. You cannot use Acrobatics to move past foes if your speed is reduced due to carrying a medium or heavy load or wearing medium or heavy armor.
Nada parece impedir o uso durante a natação. Embora a natação reduza a velocidade, a proibição aqui é especificamente para carga ou armadura. A natação está "se movendo" na interpretação em inglês e nadar com velocidade de um quarto é explicitamente listado como um exemplo de ação de movimento.
Dito isto, a redução de velocidade para o Acrobatics, além da redução da velocidade de natação, será uma limitação significativa para a maioria dos personagens.